A história de Blue Submarine 6 se passa num futuro sombrio, no qual a Terra se tranformou num mundo devastado e quase inteiramente submerso em água, em função de uma série de eventos desencadeados por um professor de nome Zorndyke. A catastrófica destruição causada por estes eventos ocasionou a morte imediata de 1 bilhão de pessoas em todo o mundo. Completando o cenário, uma sangrenta guerra entre a população em terra e os povos do mar traz ainda mais tristeza e sofrimento aos sobreviventes.