No ano de 4768 A.T, a espécie humana ainda existe, sendo eles moradores de colônias de proteção que imitam o extinto planeta Terra, sem contar com uma boa quantidade de Realians (seres criados por Joachim Mizrahi portadores de conhecimentos e sentimentos humanos), andróides, robôs entre outros. Durante os últimos quatrocentos anos, criaturas misteriosas chamadas Gnosis começaram a atacar as colônias de moradias humanas. Acredita-se que seu criador tenha sido Joachim Mizrahi, um cientista que anteriormente ao conflito de Miltia, havia trazido vários avanços tecnológicos. Sabe-se também que a existência dos Gnosis têm algo a ver com o Zohar, um artefato misterioso criado muito antes da série começar. É aí que a história se desenrola, tendo Shion Uzuki como sua protagonista.